Cơ quan trực thuộc

• Văn phòng
• Thanh tra
• Phòng Tài chính
• Phòng Khoa học Quân sự
• Phòng Điều tra hình sự
• Phòng Thi hành án dân sự
• Phòng Cứu hộ cứu nạn
• Phòng Kinh tế
• Bộ Tham mưu[4]

Tham mưu trưởngː Thiếu tướng Nguyễn Quang Ngọc

Phó Tham mưu trưởng, Bí thư Đảng ủyː Thiếu tướng Trần Mạnh Kha

Phó Tham mưu trưởngː Đại tá Phạm Hoàng Long

Phó Tham mưu trưởng: Đại tá Phạm Đức Tiếp

• Cục Chính trị[5]

Chủ nhiệm: Thiếu tướng Nguyễn Quốc Tuấn

Phó Chủ nhiệm, Bí thư Đảng ủy: Thiếu tướng Nguyễn Văn Quý

Phó Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Nam Tiến

Phó Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Huy Hoàng

• Cục Hậu cần[6]
  • Chủ nhiệm: Đại tá Phạm Đăng Thuấn
  • Chính ủy (Bí thư Đảng ủy): Đại tá Lê Đức Quý
  • Phó Chủ nhiệm: Đại tá Nguyễn Xuân Cảnh
  • Phó Chủ nhiệm: Đại tá Cáp Văn Nam
• Cục Kỹ thuật[7]
  • Chủ nhiệm: Đại tá Phạm Quốc Bảo

Đơn vị trực thuộc Quân khu

• Bộ Chỉ huy quân sự thành phố Hải Phòng
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Quảng Ninh
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Hưng Yên
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Hải Dương
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Thái Bình
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Nam Định
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Hà Nam
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Ninh Bình
• Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Hòa Bình
• Sư đoàn 350[8]
• Sư đoàn 395[9]
• Lữ đoàn Phòng không 214[10]
• Lữ đoàn Pháo binh 454[11]
• Lữ đoàn Công binh 513
• Lữ đoàn Bộ binh phòng thủ 242[12]
• Lữ đoàn Tăng-Thiết giáp 405[13]
• Lữ đoàn Thông tin 603[14]
• Lữ đoàn Vận tải đường thủy 273[15]
• Đoàn KTQP 327[16]
• Trung đoàn 952[17]
• Trường quân sự Quân khu 3[18]
• Trường Cao đẳng Nghề số 3[19]
• Công ty 389[20]
• Công ty Duyên Hải[21]

Đơn vị trực thuộc Cục

• Tiểu đoàn Kho Công binh, Bộ Tham mưu
• Tiểu đoàn Đặc công 41, Bộ Tham mưu[22]
• Tiểu đoàn Trinh sát, Bộ Tham mưu
• Tiểu đoàn Phòng hóa 38, Bộ Tham mưu
• Tiểu đoàn Vệ binh 30, Bộ Tham mưu[23]
• Xưởng 10, Bộ Tham mưu[24]
• Toà án Quân sự, Cục Chính trị.
• Viện kiểm sát Quân sự, Cục Chính trị.
• Trung đoàn Vận tải 653, Cục Hậu cần[25]
• Kho Hậu cần tổng hợp, Cục Hậu cần[6]
• Bệnh viện Quân y 5, Cục Hậu cần[24]
• Bệnh viện Quân y 7, Cục Hậu cần [25]
• Cụm kho 76, Cục Kỹ thuật[26]
• Kho K22, Cục Kỹ thuật[27]
• Kho K23, Cục Kỹ thuật[28]
• Xưởng X81, Cục Kỹ thuật[7]
• Xưởng X56, Cục Kỹ thuật[29]